Ved gennemførelsen af strukturfondsprojekter skal der ifølge forordning 1083/2006 ikke alene være komplementaritet i forhold til nationale, regionale og lokale politikker, men også i forhold til indsatsen under andre af Fællesskabets instrumenter. Et særligt krav om koordination findes for den indsats, der gennemføres under Den Europæiske Landbrugsfond og Den Europæiske Fiskerifond. I det følgende beskrives, hvordan dette udmøntes i praksis.
Der er generelt ingen sektorbegrænsning for projekter under Regionalfonden og Socialfonden. Derfor er det normalt ikke en hindring for tilskud, at et projekt gennemføres inden for eller med deltagelse af virksomheder fra fødevare-, skov- eller fiskerisektoren. For regional investeringsstøtte og statsstøtte under de minimis-reglen gælder dog en sektorbegrænsning, som er beskrevet i bilag 3.
Projekter kan i princippet godt opnå tilskud fra flere fonde, men der kan ikke ydes tilskud fra flere fonde til samme udgift under et projekt. I praksis vil tilskud fra flere fonde skulle håndteres ved en opdeling i delprojekter, da det i modsat fald ikke entydigt kan bestemmes, fra hvilken fond en given udgift støttes. Disse delprojekter vil skulle opfylde betingelserne under de enkelte fonde, og der vil derfor i sådanne projekter skulle udfærdiges flere ansøgninger, og delprojektet vil under den pågældende fond blive betragtet som et afgrænset projekt.
For både strukturfondene, Landdistriktsfonden og Fiskerifonden gælder, at der ved ansøgning skal oplyses om sammensætningen af projektets finansiering. For at undgå dobbeltfinansiering af projekter, skal de regionale vækstforumsekretariater og de lokale aktionsgrupper for hvert enkelt projekt vurdere, om projektet er støtteberettiget under både strukturfondene og Landdistriktsfonden/Fiskerifonden, og i givet fald undersøge, om der er søgt tilskud under flere fonde.
