Målsætningen om territorialt samarbejde afløser Interreg III fællesskabsinitiativet. Den omfatter som Interreg III følgende tre komponenter:

• Grænseoverskridende samarbejde
• Tværnationalt samarbejde
• Interregionalt samarbejde

Samarbejdet organiseres i programmer.

De grænseoverskridende programmer fokuserer særligt på grænseregionale økonomiske, sociale og miljømæssige aktiviteter, herunder forbedring af vilkårene for iværksættere og SMV. Desuden fælles udvikling og brug over grænserne af serviceinfrastruktur som sundhedsfaciliteter, uddannelse, kultur og turisme. Endelig er der mulighed for at styrke det administrative samarbejde over grænsen, et fælles arbejdsmarked og beskæftigelsesinitiativer samt forskning og udvikling.

Samarbejdet er organiseret i fire grænseoverskridende programmer:
To dansk-tyske: Ét hvor Region Syddanmark er omfattet, og ét hvor Region Sjælland er omfattet.
Ét dansk-svensk-norsk program og ét program for den sydlige Østersø.

De tværnationale programmer fokuserer på fire hovedområder. For hvert af hovedområderne er det tværnationale element understreget.

• Innovation omfatter udvikling af videnskabelige og teknologiske netværk og styrkelse af innovations- samt forsknings- og udviklingskapaciteten
• Miljø omfatter forvaltning af vandressourcer, forøget energieffektivitet, miljøbeskyttelse og risikoforebyggelse.
• Tilgængelighed omfatter forbedringer indenfor transport- og teletjenesteydelser.
• Bæredygtig byudvikling omfatter en styrkelse af en polycentrisk udvikling på tværnationalt, nationalt og regionalt plan.

Under de tværnationale programmer er hele Danmark støtteberettiget, og samarbejdet er organiseret i to tværnationale programmer:
Ét program for landene omkring Østersøen
Ét program for landene omkring Nordsøen

De interregionale programmer har til formål at forbedre effektiviteten i regionalpolitikken ved at fremme samarbejde mellem regioner på tværs af hele fællesskabet. Indholdsmæssigt fokuserer programmerne/netværkene på innovation, miljø og risikoforebyggelse. Samarbejdet er organiseret i programmet INTERREG IVC.

Samarbejdet på tværs af hele fællesskabet er tillige organiseret i erfaringsudvekslingsnetværkene: Urbact II, ESPON 2013 og Interact II.

URBACT-programmidlerne kan anvendes til at understøtte etableringen af tværnationale netværk og arbejdsgrupper med henblik på øget videndeling inden for temaer med betydning for udviklingen af byer som ramme for vækst, beskæftigelse og erhvervsudvikling. De nærmere rammer for programmidlernes anvendelse fremgår af det operationelle program, som findes på http://urbact.eu/ hvor man også  kan læse mere om hele programmet og kontakte sekretariatet i Paris. Programmet er åbent for alle byer i EU-medlemslandene samt Norge og Schweiz.

I Danmark er Ministeriet for By, Bolig og Landdistrikter primær ansvarlig på URBACT II-programmet.

ESPON er et europæisk observationsnetværk for territorial udvikling og samhørighed. Programmidlerne kan anvendes til bl.a. at understøtte anvendt forskning, til analyser og til udvikling af videnskabelige platforme og værktøjer inden for territorial udvikling og samhørighed. De nærmere rammer for programmidlernes anvendelse fremgår af det operationelle program, som findes på www.espon.eu, hvor man også kan læse mere om hele programmet og kontakte sekretariatet i Luxembourg.

I Danmark er Naturstyrelsen under Miljøministeriet, primær kontakt på ESPON 2013-programmet.

Retningslinjer for kontrol af tværnationale og interregionale programmer:

Guidelines:
The Baltic Sea Region Programme 2007-2013
The INTERREG IVB North Sea Programme 2007-2013
The INTERREG IVC Programme 2007-2013
The ESPON II Programme 2007-2013
The URBACT II Programme 2007-2013